• norsk
    • English
  • English 
    • norsk
    • English
  • Login
View Item 
  •   Home
  • Master- og hovedoppgaver / Master thesis
  • Master i næringsrettet bioteknologi / Master of applied and commercial biotechnology M2NRBIOTEK
  • View Item
  •   Home
  • Master- og hovedoppgaver / Master thesis
  • Master i næringsrettet bioteknologi / Master of applied and commercial biotechnology M2NRBIOTEK
  • View Item
JavaScript is disabled for your browser. Some features of this site may not work without it.

Utvikling av mikrosatellitt multipleks PCR for genetiske studier av Margaritifera margaritifera

Garlie, Silje
Master thesis
Thumbnail
View/Open
Garlie.PDF (11.81Mb)
URI
http://hdl.handle.net/11250/132339
Date
2010
Metadata
Show full item record
Collections
  • Master i næringsrettet bioteknologi / Master of applied and commercial biotechnology M2NRBIOTEK [40]
Abstract
Norsk: Den utrydningstruede elvemuslingen (Margaritifera margaritifera) er en viktig nøkkeart i

økosystemet den lever i. De siste hundre årene har det imidlertid vært en sterk nedgang i

antall individer og populasjoner av elvemusling over hele Europa. Utvikling av polymorfe

mikrosatellittmarkører vil kunne benyttes til kartlegging av genetisk variasjon for norske

elvemusling populasjoner, og være et viktig verktøy til utarbeidelse av bevaringsbiologiske

tiltak for elvemusling i Norge.

Ved bruk av 454-sekvenseringsteknikk fikk vi identifisert 201 mikrosatellittloci, hvor 17 ble

evaluert for inkludering i et multipleks PCR-oppsett. Kostnader ved genotyping er

betydelige, derfor utviklet og optimaliserte vi to multipleks PCR-reaksjoner med henholdsvis

6 nyutviklede og 5 etablerte markører i PCR-reaksjonene. Et begrenset populasjonsstudie på

132 individer fra 5 populasjoner ble utført. Resultater viser at alle markørene er polymorfe,

med gjennomsnittlig allelantall på 4,5 allel per loci. 4 av populasjonene viste svært liten

genetisk variasjon og hadde flere monomorfe loci (gjennomsnittlig He: 0,02 – 0,15), mens

den siste populasjonen viste god genetisk variasjon (gjennomsnittlig He: 0,53). Tester og

analyser viste at markørene ga reproduserbare resultater med lav feilrate, utenom for to av

markørene (Mm2235 og MarMa5167), som bør evalueres mer nøye. Dette studiet viser at det

å utvikle multipleks PCR-oppsett for genotyping av elvemusling er oppnåelig.
 
English: The threatened freshwater pearl mussel (Margaritifera margaritifera) plays an important

role in the freshwater ecosystem. During the last century there has been a dramatically

decline in freshwater pearl mussel populations all over Europe. Development of polymorphic

microsatellite markers has the potential to estimate genetic variations in Norwegian pearl

mussel populations, and be an important tool in developing conservation plans for the

species.

By using a 454-sequencing technique we were able to identify 201 microsatellite loci, where

17 of these were evaluated for use in a multiplex PCR system. The costs of genotyping are

substantial, due to this reason we developed and optimized 2 multiplex PCR reactions with 6

new markers and 5 established markers. A limited population study was performed with

results showing that all the markers are polymorphic, with average allel numbers of 4,5

alleles per loci. 4 of the population showed low genetic variation and had several

monomorphic loci (average He: 0,02 – 0,15), while the last population had good genetic

variation (average He: 0,53). Test and analysis showed that the markers gave reproducible

results with a low margin of errors. This was not the case for 2 of the markers (Mm2235 and

MarMa5167), which should be more thoroughly evaluated. This study shows that

development of multiple PCR system for genotyping of fresh water pearl mussel is

achievable.
 
Description
Mastergradsoppgave i næringsrettet bioteknologi, Avdeling for lærerutdanning og naturvitenskap, Høgskolen i Hedmark, 2010

Contact Us | Send Feedback

Privacy policy
DSpace software copyright © 2002-2019  DuraSpace

Service from  Unit
 

 

Browse

ArchiveCommunities & CollectionsBy Issue DateAuthorsTitlesSubjectsDocument TypesJournalsThis CollectionBy Issue DateAuthorsTitlesSubjectsDocument TypesJournals

My Account

Login

Statistics

View Usage Statistics

Contact Us | Send Feedback

Privacy policy
DSpace software copyright © 2002-2019  DuraSpace

Service from  Unit